Durante il lungo Cinquecento le guerre, una realtà endemica del tempo, spinsero centinaia di rifugiati verso la città di Amsterdam. L’allora consiglio comunale, diviso internamente per questioni religiose ma orientato ai commerci e attività volte a creare profitto, permise a diversi gruppi di stabilirvisi. La condizione per permettere alla città di diventare il loro rifugio era quella di mantenere un basso profilo: una tolleranza de facto ma disciplinata. Spopolò il fenomeno delle chiese nascoste!
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La scelta del consiglio comunale di Amsterdam aveva portato alla formazione di grandi comunità religiose di rifugiati: ebrei, cattolici, radicali. Le chiese clandestine proliferarono in solai, case private e all’aperto.
La comunità dei radicali provò a prendere il controllo del consiglio e della città intorno al 1534, con un piano per fondare una nuova Gerusalemme. Le comunità di radicali credevano infatti nella necessità di riformare il corpo sociale per aderire a un elevato standard di purezza. Stando alle loro convinzioni il ritorno di Cristo in terra era quanto mai imminente: mesi o giorni. Sedici di loro scesero nudi per la strada proclamando il nuovo ordine, ma l’esperimento fallì e molti di loro dovettero fuggire. La comunità di radicali mennoniti rimasti dovettero pregare nelle case o nei cortili, convertite in chiese nascoste.
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La comunità cattolica si rifugiò in seguito alla furia iconoclasta scoppiata nei Paesi Bassi negli anni sessanta del 1500. L’avanzare della riforma luterana in città portò il consiglio a bandire la messa nel 1578, ovvero a bandire l’adorazione del corpo di Cristo secondo i dettami cattolici. I cattolici furono espulsi, ma non tutti lasciarono la città e questi decorarono l’interno di alcune case come delle vere e proprie chiese barocche, ma all’esterno non diverse da una semplice casa. I cattolici continuarono a celebrare i loro riti, contando sulla presenza di funzionari poco zelanti.
I primi rifugiati ebrei arrivarono in seguito al 1580: era la comunità sefardita iberica, che prese il nome di “portoghese”. Amsterdam concesse la pratica pubblica del culto nel 1603; le comunità portoghese e ashkenazita poterono costruire la loro prima sinagoga nel 1639. Anche questa però dall’esterno non appariva poi molto diversa da una normale casa borghese. Le successive due sinagoghe possedevano uno stile più classico e monumentale segno dell’importanza che le due comunità avevano raggiunto.
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Nel 1607 un editto comunale stabilì che e varie comunità risiedessero nei vari quartieri a loro destinati e separati. Questa era la più semplice espressione dell’ethos moderno che verteva su principi quali la separazione e il contenimento. La città conosceva il valore di un’industria editoriale aperta, di un panorama artistico e culturale prolifico che la presenza di queste comunità comportava.